2019年8月1日，國際著名學術(shù)期刊Cancer Cell在線發(fā)表了中國科學院生物化學與細胞生物學研究所惠利健研究組、中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所李亦學研究組、第二軍醫(yī)大學附屬東方肝膽外科醫(yī)院張海斌研究組以及南京大學醫(yī)學院附屬鼓樓醫(yī)院施曉雷合作的題為“A Pharmacogenomic Landscape in Human Liver Cancers”的研究論文。該工作報道了目前最大的肝癌細胞模型平臺和最詳細的肝癌細胞藥物基因組學。通過整合大規(guī)模測序和高通量藥物篩選數(shù)據(jù)，研究人員建立了肝癌中基因組變異與藥物響應的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)了新的治療靶點和分子標志物（圖1）。
近五年，李亦學研究組針對腫瘤藥物基因組學中遇到的小樣本大數(shù)據(jù)等挑戰(zhàn)，開發(fā)鑒定藥敏標志物和預測藥效的算法，并將其應用于腫瘤細胞系和小鼠移植模型。在這項最新的研究進展中，惠利健研究團隊將肝癌細胞系體外建立的效率提高到50%，構(gòu)建了全世界最大規(guī)模的肝癌細胞系平臺（包括50株新建立的中國病人來源的肝癌細胞系和31株發(fā)表的肝癌細胞系），并測試了90種藥物在81株細胞系中的響應情況。李亦學團隊負責生物信息數(shù)據(jù)分析，構(gòu)建了81株細胞系的突變圖譜和表達圖譜，并通過整合細胞系藥物響應、基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)了新的潛在的治療策略和分子標志物。進一步的實驗驗證了部分侯選標志物對藥效的影響，如：CTNNB1激活突變與抑制HDAC聯(lián)合致死，DKK1高表達與Sorafenib的敏感性等。
中國科學院生物化學與細胞生物學研究所邱志欣博士、博士研究生章正濤和中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所李虹副研究員為研究論文的共同第一作者，中國科學院生物化學與細胞生物學研究所惠利健、中國科學院上海營養(yǎng)與健康研究所李亦學、第二軍醫(yī)大學附屬東方肝膽外科醫(yī)院張海斌和南京大學醫(yī)學院附屬鼓樓醫(yī)院施曉雷為共同通訊作者。該工作獲中科院、基金委、科技部等資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.ccell.2019.07.001
圖1：肝癌細胞系平臺的建立與藥物基因組學分析
官方微信
