2019年2月12日，國際著名學(xué)術(shù)期刊Cell Reports（《細胞通訊》）在線發(fā)表了中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所隸屬的計算生物學(xué)研究所（中國科學(xué)院-馬普學(xué)會計算生物學(xué)伙伴研究所）韓敬東研究組的論文“Immune cell types and secreted factors contributing to inflammation-to-cancer transition and immune therapy response”。該研究基于多組織的癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)構(gòu)建計算方法，挖掘多個組織中炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變的共同基因模塊和影響該過程的關(guān)鍵免疫細胞及相關(guān)分泌因子，為癌癥早期檢測提供了潛在的生物標記物。
盡管人們已知慢性炎癥增加多種癌癥的風(fēng)險，然而炎癥如何促進癌癥發(fā)展仍然沒有被明確研究。其中，判斷炎癥組織何時向癌癥轉(zhuǎn)變至關(guān)重要。為實現(xiàn)無偏檢測免疫細胞及其分泌因子影響炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變的分子機制，本課題研究人員開發(fā)了計算方法“SwitchDetector”。分別基于肝癌、胃癌和結(jié)腸癌的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，識別出血管生成作為多種癌癥的炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變的共同關(guān)鍵事件；并利用浸潤免疫細胞類型的組成情況、以及其分泌或抑制的胞外因子來預(yù)測該關(guān)鍵事件的基因表達。這些識別出的胞外因子可作為潛在的癌癥前、癌癥早期檢測的生物標記物，并且可以與血管生成基因一起實現(xiàn)癌癥預(yù)后和病人免疫治療響應(yīng)的準確預(yù)測。SwitchDetector軟件以及炎癥-癌癥（inflammation-to-cancer, I2C）數(shù)據(jù)庫在www.inflammation2cancer.org公開發(fā)布，可供下載和查詢。
該研究工作主要由韓敬東研究組陳興委博士、徐遲博士和洪勝君博士合作完成，得到國家自然科學(xué)基金委員會（91329302；91749205；31210103916；91519330）、科技部（2015CB964803；2016YFE0108700）、中國科學(xué)院（XDB19020301；XDA01010303）的資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.01.080
炎癥-癌癥轉(zhuǎn)變事件檢測的流程概念圖
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