4月6日，國際著名生物信息學(xué)期刊Briefings in Bioinformatics在線發(fā)表了中國科學(xué)院上海生命科學(xué)研究院（人口健康領(lǐng)域）馮英組和浙江農(nóng)林大學(xué)吳文武博士，上海列冰生物科技有限公司宗杰博士的最新研究進(jìn)展“CASH: a constructing comprehensive splice site method for detecting alternative splicing events”。該研究開發(fā)了pre-mRNA可變剪接分析軟件CASH（Comprehensive Alternative Splicing Hunting），并利用該軟件研究了剪接蛋白SRSF10在不同物種中的剪接調(diào)控模式的保守和演化。
pre-mRNA可變剪接事件的發(fā)現(xiàn)，是研究可變剪接的前提步驟，而基因組注釋（包括人類、擬南芥等最受重視的模式生物）存在不準(zhǔn)確或未注釋的可變剪接；不同細(xì)胞或組織中往往又存在異常的可變剪接事件，這些可變剪接事件的發(fā)現(xiàn)是生物信息學(xué)的研究難點(diǎn)。在前期研究基礎(chǔ)上（Zhou X*, Wu W* et al, 2014,NAR），吳文武博士（浙江農(nóng)林大學(xué)教授，原是生科院營養(yǎng)所的博士后）和宗杰博士（上海列冰生物）等開發(fā)了可變剪接分析軟件CASH，該軟件利用高通量轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，根據(jù)剪接位點(diǎn)直接構(gòu)建可變剪接事件，進(jìn)而揭示樣本間發(fā)生差異表達(dá)的可變剪接事件；與其他軟件比較結(jié)果顯示，CASH在發(fā)現(xiàn)新的或異常的可變剪接事件方面，具有顯著性優(yōu)勢。基于此軟件，進(jìn)一步研究了剪接因子SRSF10的可變剪接調(diào)控，發(fā)現(xiàn)SRSF10所調(diào)控的基因在不同物種間保守性較差，但SRSF10結(jié)合的位點(diǎn)基序及其調(diào)控產(chǎn)生的剪接效應(yīng)在物種間具有高度的保守性。
本研究CASH軟件可為其他研究者在可變剪接的發(fā)現(xiàn)方面提供便利，為其進(jìn)一步開展可變剪接的功能研究提供必要支撐；剪接因子SRSF10參與的可變剪接調(diào)控研究有助于深入了解可變剪接發(fā)生的分子機(jī)制過程。
該研究獲得了博士后面上項(xiàng)目、博士后特別資助、國家自然科學(xué)基金等資助。(科技處)
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