2019年8月1日，國(guó)際著名學(xué)術(shù)期刊Cancer Cell在線發(fā)表了中國(guó)科學(xué)院生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所惠利健研究組、中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所李亦學(xué)研究組、第二軍醫(yī)大學(xué)附屬東方肝膽外科醫(yī)院張海斌研究組以及南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬鼓樓醫(yī)院施曉雷合作的題為“A Pharmacogenomic Landscape in Human Liver Cancers”的研究論文。該工作報(bào)道了目前最大的肝癌細(xì)胞模型平臺(tái)和最詳細(xì)的肝癌細(xì)胞藥物基因組學(xué)。通過(guò)整合大規(guī)模測(cè)序和高通量藥物篩選數(shù)據(jù)，研究人員建立了肝癌中基因組變異與藥物響應(yīng)的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)了新的治療靶點(diǎn)和分子標(biāo)志物（圖1）。
近五年，李亦學(xué)研究組針對(duì)腫瘤藥物基因組學(xué)中遇到的小樣本大數(shù)據(jù)等挑戰(zhàn)，開(kāi)發(fā)鑒定藥敏標(biāo)志物和預(yù)測(cè)藥效的算法，并將其應(yīng)用于腫瘤細(xì)胞系和小鼠移植模型。在這項(xiàng)最新的研究進(jìn)展中，惠利健研究團(tuán)隊(duì)將肝癌細(xì)胞系體外建立的效率提高到50%，構(gòu)建了全世界最大規(guī)模的肝癌細(xì)胞系平臺(tái)（包括50株新建立的中國(guó)病人來(lái)源的肝癌細(xì)胞系和31株發(fā)表的肝癌細(xì)胞系），并測(cè)試了90種藥物在81株細(xì)胞系中的響應(yīng)情況。李亦學(xué)團(tuán)隊(duì)負(fù)責(zé)生物信息數(shù)據(jù)分析，構(gòu)建了81株細(xì)胞系的突變圖譜和表達(dá)圖譜，并通過(guò)整合細(xì)胞系藥物響應(yīng)、基因組、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)了新的潛在的治療策略和分子標(biāo)志物。進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了部分侯選標(biāo)志物對(duì)藥效的影響，如：CTNNB1激活突變與抑制HDAC聯(lián)合致死，DKK1高表達(dá)與Sorafenib的敏感性等。
中國(guó)科學(xué)院生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所邱志欣博士、博士研究生章正濤和中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所李虹副研究員為研究論文的共同第一作者，中國(guó)科學(xué)院生物化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)研究所惠利健、中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所李亦學(xué)、第二軍醫(yī)大學(xué)附屬東方肝膽外科醫(yī)院張海斌和南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬鼓樓醫(yī)院施曉雷為共同通訊作者。該工作獲中科院、基金委、科技部等資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.ccell.2019.07.001
圖1：肝癌細(xì)胞系平臺(tái)的建立與藥物基因組學(xué)分析
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